يقدم قسم الكلى خدمة متكاملة وشاملة تغطي جميع جوانب أمراض الكلى وعلاجها بما في ذلك زراعة الكلى. وقد أفتتح هذا القسم في شهر مارس (آذار) من عام 1979م بناءً على توجيهات صاحب السمو الملكي الأمير سلطان بن عبد العزيز آل سعود.

ويساهم القسم مساهمة فعٌالة في تدريب العاملين في المجال الطبي والطبي المساعد إضافة إلى الخدمات الطبية التي يوفرها،وإجراء الأبحاث في ميدان أمراض الكلى في المملكة العربية السعودية والتوعية الصحية العامة والتنسيق مع القطاعات الطبية الأخرى في ميدان أمراض الكلى. ومنذ افتتاحه في عام 1979م سعى القسم سعياً حثيثاً لتحقيق الأهداف المتمثلة في توفير خدمة على أعلى المستويات الممكنة، وتقديم خدمة تغطي جميع جوانب أمراض الكلى بما فيها زراعة الكلى وجعل هذه الخدمة متاحة ليس لمنسوبي وزارة الدفاع والطيران وأسرهم فحسب، بل لجميع المواطنين في المملكة كذلك.
 
ولقد أصبح قسم الكلى متعرفاً به كوحدة إحالة متخصصة في أمراض الكلى في المملكة العربية السعودية . ويشمل العمل في قسم الكلى توفير التشخيص والعلاج للمرضى الذين يعانون من أمراض الكلى بما فيها الفشل الكلوي المزمن و الحاد والالتهاب الكلوي النسيجي، وزراعة الكلى والالتهاب الكلوي الكبيبي والمتلازمة الكلوية، وارتفاع ضغط الدم والتهاب الكلية وحويضها واختلال توازن الأملاح إضافة إلى أمراض الكلى أوتكون سبباً فيها. ولقد بلغ برنامج زراعة الكلى في المستشفى مستوى باهراً من حيث معدلات نجاح عمليات الزراعة، وبقاء المرضى على قيد الحياة (فقد وصل معدل هذا النجاح إلى 95% سنوياً في مجال زراعة الكلى من أقرباء أحياء و80% سنوياً في مجال زراعة الكلى من أموات ).
 
كما قام قسم النساء والولادة بمتابعة ما يزيد على 40 حالة حمل ناجحة لنساء سبق أن أجريت لهن عمليات زراعة كلى. ومن الجدير بالذكر أن مستشفى القوات المسلحة بالرياض كان أول مستشفى في المملكة يقوم وبكل نجاح بتدريب الفنيين السعوديين على عمليات غسيل الدم بما في ذلك استعمال وصيانة وإصلاح أجهزة الغسيل. وقد سبق وأن أكمل القسم تدريب عدد من كبار فنيي غسيل الدم كلهم يعملون الآن في مراكز غسيل الدم في المملكة.
 
ولقد حقق قسم الكلى ومستشفى القوات المسلحة بالرياض ككل عددا من الإنجازات في مجال الكلى، فهو المستشفى الأول في المملكة العربية السعودية الذي حقق أول الإنجازات في مجال زراعة أول كلية من قريب حي وأول زراعة لكلية من متوفي أحضرت من خارج المملكة، وأول زراعة لكلية أخذت من ميت داخل المملكة وهو فوق ذلك أول مستشفى بدأ حملة للتبرع بالكلى في المملكة وفيه أجريت أول عملية لزراعة كلية لامرأة حامل. وأخيراً قام القسم بتقديم مايزيد على 40 بحثاً في المؤتمرات العلمية المحلية والدولية ونشر مايزيد على 100 بحث في المجلات المحلية والدولية البارزة.