يقوم القسم بتنظيم وتطبيق نظام رعاية صحية فعال من خلال برنامج مخصص للجودة والنوعية متوافق مع الأهداف والمعايير القياسية للإدارة العامة للخدمات الطبية للقوات المسلحة.

ويشارك العاملون في القسم بكل فعالية في عمليات إدارة الجودة المستمرة من خلال المحاضرات التي يلقونها في الدورات التعليمية التي ينظمها المستشفى داخليا وخارجيا.

ويساعد القسم كل قسم من أقسام المستشفى ولجانه وعددها 53 لجنة في كشف المشاكل التي قد تؤثر على نوعية الرعاية المقدمة للمرضى والتحقيق في أسبابها ووضع وتنفيذ الخطط اللازمة لحلها.

ويعتمد هذا القسم على عدد من مصادر المعلومات للمساعدة في الجهود التي تبذلها لجان الجودة مثل التحقيق في شكاوي المرضى ومراجعة الحالات الحرجة وتقارير استعمال الدم واستخدام العقاقير والمضادات الحيوية ونتائج دراسات ضبط الجودة وتحليل أنماط الممارسة وغيرها من المصادر.

ومن الإنجازات التي حققها القسم لرفع مستوى وعي ومعرفة موظفي المستشفى بمبادئ إدارة الجودة الشاملة، قيامه بتنظيم عدة محاضرات ألقاها استشاري مختص في هذا المجال. وقد استفاد من هذه المحاضرات أكثر من 500 من موظفي المستشفى من أطباء وصيادلة وفني الطب المساعد ومهندسين وفنيين وموظفين إداريين.